以神在《圣经》所启示的心意（the mind of God）为内容。圣经辅导的目标（objectives）与宗旨（goals），方法（methods）以及动机（motivations）都来自神。简言之，圣经辅导就是把圣经的真理应用在所有辅导的案例中。根据圣经来解释人的问题，并根据圣经来处理这些问题。圣经足够对处于每一种情况下的人说话，并为人们的每一个问题下定义，提供解决问题的总原则。辅导者使用神的话，藉着祷告，依靠圣灵的引导，将人的心意夺回，改变成为基督的样式。其步骤有三：
- 帮助被辅导者找出有罪之处，带领他悔改，引导他脱去旧人（弗四20-22）
- 将心志改换一新，并且穿上新人（弗四23-24）
- 思念神的国度，走成圣道路，地上的一切均为影象，真相在天上，天上才是永恒的家（来八）
辅导者与被辅导者的生命会改变，都是处于上帝。上帝使用生命被改变的人（圣经辅导员），藉着圣经的教导，改变另一个生命需要被改变的人（被辅导者）。
使人圣洁，脱离卑贱的事，作贵重的器皿，成为圣洁，合乎主用，预备行各样的善事（提后二21），活出基督的样式来荣耀神。提前一5说：『但命令的总归就是爱，这爱是从清洁的心和无亏的良心，无伪的信心生出来的。』爱神的来源与动力在于：
- 清洁的心：清心的人必得以见神（太五8）
- 无亏的良心：效法神的眼光看待事物（西一17）
- 无伪的信心：效法神而活（来十一，信心属灵伟人的见证）
出自于渴慕神，爱神并为神而活的盼望，靠着圣灵的大能，前去辅导劝诫。因此，圣经辅导的目标是圣洁，而不是所谓的『健康』。
圣经的话语彰显神全然完美的属性，唯独祂是一切的公义与权柄。神全然完美的属性，涵盖神不可传递（internal perfective attributes）以及对外衍生的属性（external derivative attributes）。因此，圣经辅导的进路是依靠圣灵的大能，藉着神施恩的管道，以及基督衍生的属性，光照辅导员与被辅导者，使我们为着自己有罪的内心与外显的行为，悔改认罪，经历基督赦罪的更新改变，越来越像耶稣基督，有罪的内心被渴慕神的热情取代，并从中得以坚忍信靠，得享安息。换句话说，福音是圣经辅导的核心主题。唯独福音引导内心悖逆的罪人，经历圣洁的被造，除去罪人的邪恶。圣经辅导的核心主题包括：
- 神是辅导的中心。祂是掌权的、主动的；祂对人说话，充满怜悯，给人训诫，和大有能力。基督是辅导事工的核心焦点，祂是奇妙策士，大有能力的神。（赛九6）
- 圣经的权威超越所有知识，无论来自是科学、文学，或个人经历领域的任何资源。
- 罪在各方面的问题，包括行为、思想、意念和态度上的偏差，都是圣经辅导需要处理的首要问题。
- 耶稣基督的福音给予对付并得胜罪的答案。
- 圣经辅导所致力的改变必须以渐进成圣，持续性的实践悔改，本于圣经顺服圣灵，心意更新的改变。
- 人在各种处境上遇到的困难并非偶然，乃是在神的掌权之下，显露人内心的光景，其信心与顺服得以在灵性与肉体的争战时，依靠神得炼净。
- 圣经辅导的本质是教牧工作，因而必须以教会为基础。
『圣经都是神所默示，于教训、督责、使人归正、教导人学义都是有益的，叫属神的人得以完全，预备行各样的善事。（提后三16-17）这就是圣经辅导的实践，从圣经，教导人认识神，按神的心意生活。因此，圣经的信仰宣言就是圣经辅导的根基。
（一）我们相信圣经的绝对权威是圣经辅导的根基。圣经是神所默示与权威 ，绝对可靠无误 ，是实践圣经辅导的根基 ，给予我们足够与必需的启示，认识三一神 ，在得救的事情上明白神的旨意 。
（二）我们相信耶稣基督是上帝的独生爱子 ，因圣灵感孕 ，为童女马利亚所生 ，按父神的旨意降世为人 ，完全无罪 ，却背负世人的罪 ，钉死在十字架上，死後三天复活，四十天後升天 ，坐在父神的右边为信徒代求 ，将来要从那里降临，审判世界 。
（三）我们相信人完全犯罪堕落，需要救恩 ，耶稣基督十字架的牺牲成为完美的赎罪祭 ，满足人对神公义的亏欠 ，藉著信靠中保耶稣基督 ，使我们得与神和好 。
（四）我们相信圣灵是神，与圣父圣子同工，藉著圣经的话、祷告、圣礼和团契生活，施行改变的工作 ，使人与基督联合 。
（五）我们相信以福音为中心的圣经辅导显明三一神的真知识 ，定义人的根本问题 ，神救恩的方法与应许，使我们在基督里获得重生 ，心意更新，并活出合乎圣经教导的行为 ，成为基督的样式 ，爱神爱人。
（六）我们相信圣经辅导员应该向基督徒和非基督徒传讲福音 ，应用以福音为中心的方法帮助基督徒，在艰困和苦难中活出讨神喜悦的生命，并且对非基督徒有一个主要的责任，就是藉著吸引他们来到神面前寻求解决之道，向他们传讲福音的好处。
（七）我们相信圣经辅导面对属灵力量的挑战，蒙拣选的天使是为神效力 ，而魔鬼（堕落的天使）可以影响任何一个人。我们相信圣经处理人犯罪的方法，乃是悔改和信心 ，而不是定罪肉体的情慾是因魔鬼引起，寻求赶鬼的方式来处理罪的问题 。
（八）我们相信心理学的发现不能与圣经真理拼合 ，因此在辅导的过程中，不可试图将圣经真理参杂并等同心理学与精神病学的方法 。此外，采用世俗心理学的术语，按其语言及思想分类，将妨碍被辅导者检视内心，阻挡他活出『以基督为样式』的生命 。
（九） 我们相信圣经辅导员应有属灵的恩赐，在属灵生命上有成熟的表现 ，加入地方教会，在神学、圣经和圣经的应用接受培训 。教会需认可他具有辅导的恩赐，能够在教会会友之间辅导信徒，建立基督的身体。在个别的情况下，按圣经的原则，顺服牧师与长老的权柄，将受辅导者交由教会惩戒。除非有特别的情况须执行教会惩戒或法律调解，否则辅导员须保守与被辅导者之间的秘密 。